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Feasey等人对1948年至2013年间收集的675个肠炎沙门氏菌菌株进行测序，其中496个样本来自非洲，主要是撒哈拉以南非洲地区，还有部分来自北非地区。

研究人员将这些肠炎沙门氏菌序列以及一个鸡沙门氏菌（Salmonella enterica serovar Gallinarum）基因组与肠炎沙门氏菌参考株系的基因组进行比对。通过系统进化分析，研究人员发现了三个肠炎沙门氏菌分支：一个是包含参考菌株在内的分支，一个是主要位于西非的分支，还有一个主要是中非或东非的分支。其余58个菌株具有进化、地理及时间上的差异。

研究人员指出，分支中包含了250个菌株。在进行耐药性检测的144个菌株中，104个菌株对所有测试的抗生素都易感，5个菌株具有多重耐药性，1个菌株对萘啶酸耐药。西非分支中，除了一个菌株来自美国，其余均来自西非地区。该分支中的菌株都是高度耐药的，94%的菌株至少对一类抗生素具有耐药性。中非/东非分支中菌株主要来自中非、东非地区，仅2个菌株来自南非，该分支中约82%的菌株具有多重耐药性。

通过这些肠炎沙门氏菌基因组的测序，Feasey等人发现了包含约4000个基因的核心基因组和包含1.4万个预测基因的附属基因组。

预测基因中有57个基因是分支中*的，都与前噬菌体phiSE20相关，phiSE20是菌株入侵鸡蛋和小鼠所必需的。西非分支中包含15个*的预测基因，其中11个与质粒相关。中非/东非分支中含有77个*的预测基因，其中33个与毒性质粒相关，40个与新的前噬菌体区域相关。这两个非洲分支共有的预测基因有102个，其中1个基因与新的前噬菌体区域相关。

同时，研究人员还重构了肠炎沙门氏菌的毒性质粒，发现它的系统发生出现在主要染色体之后，这表明，每个谱系都能稳定地保持质粒，而且质粒与染色体一起变得多样化。

研究人员指出，非洲分支具有差异化的宿主适应性标签。例如菌株D7795含有42个推定的受损基因，而其中大部分受损基因都与肠道内定植和从粪便中脱落相关，此外还有一些基因与代谢过程例如钴胺素的生物合成相关。这说明这个分支经历了还原进化。

文章作者、桑格研究所的NickThomson说，“这项研究说明了一个非常重要的问题，即一种相对温和的细菌在合适的条件下可以演变成一种更加危险的病原体。”